Perugia (PG) - Eretta dai frati francescani minori verso la metà del Duecento, sulla foggia dell’edificio Superiore di San Francesco in Assisi, la chiesa fin dalla sua creazione s’impose alla devozione delle maggiori famiglie della città che vi costruirono i loro sepolcri facendola diventare il vero e proprio pantheon di Perugia.
Nel corso del XIV secolo il convento fu sede di uno Studium assai celebre ove si formarono i papi Sisto IV e Giulio II. 
Con la divisione interna all’ordine francescano tra conventuali ed osservanti, San Francesco al Prato divenne sede dei conventuali mentre gli osservanti ebbero la loro sede in San Francesco a Monteripido.
Questa chiesa così celebre e ricca di capolavori fu però sin da pochi anni dopo la sua edificazione vittima di numerosi problemi di staticità, poggiando su un terreno cedevole.

Sin dal XV secolo, si resero necessari continui lavori di consolidamento e restauro fino a quando nel Settecento la chiesa venne integralmente ripristinata su progetto di Pietro Carattoli; ma l’elevato peso dei nuovi contrafforti invece di aiutare la precedente struttura gotica accelerò il cedimento della collina. A meno di un secolo di distanza dall’intervento del Carattoli si fu così costretti a demolire la cupola, le volte di navata e del transetto e parte dei muri absidali. Fu rimaneggiata e restaurata più volte, per tentare di arginare i crolli che si verificavano periodicamente a causa del terreno franoso. Sotto la direzione di Pietro Angelini, la facciata originaria fu ripristinata nel 1926.
Questa, liberata da edifici che le erano stati addossati nel XVII secolo, fu fatta su modello di quella antica di cui si hanno testimonianze nel Gonfalone di San Bernardino di Benedetto Bonfigli, ora in Galleria Nazionale dell’Umbria. Terminante con timpano e racchiusa tra due contrafforti, la facciata si presenta con rivestimento geomentrico bianco e rosa e tarsie colorate.
All'interno, la chiesa è ad una sola navata, con transetto e abside poligonale. Nella cappella conosciuta come Oratorio della SS. Concezione o del Gonfalone, sta il sarcofago di Braccio Fortebracci da Montone (capitano di ventura del Quattrocento e signore di Perugia). Tra il fianco sinistro e il transetto, a metà del Quattrocento, fu costruito l’Oratorio della Confraternita della Santissima Concezione, rivestito di intarsi di marmo bianco e rosa, che conservava un gonfalone con la Madonna della Misericordia eseguito in occasione della peste del 1464 da Mariano d’Antonio e Benedetto Bonfigli, ora nell’oratorio di San Bernardino.
Un tempo la chiesa conteneva molte opere d'arte poi trasferite altrove: lo Sposalizio di Santa Caterina dell'Alfani si trova al Louvre; la Resurrezione del Perugino è alla Pinacoteca Vaticana, come pure l'Incoronazione della Vergine di Raffaello; la Deposizione Baglioni di Raffaello è invece ospitata nella Galleria Borghese; la grande Croce del Maestro di San Francesco, oggi nella Galleria Nazionale dell’Umbria.
La chiesa, attualmente sconsacrata e scoperchiata, è da alcuni anni, insieme al convento che oggi ospita l’Accademia di Belle Arti di Perugia, sottoposta a interventi di consolidamento e restauro. Una volta ripristinata diverrà l’auditorium della città.
