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La prima pietra per la chiesa inferiore la posò Papa Gregorio IX il giorno succesivo alla canonizzazione del Santo in data 17 luglio 1228. Due anni più tardi, il corpo del Santo, deposto nel frattempo a S. Giorgio (la futura chiesa di S. Chiara), fu trasportato e sepolto in gran segreto (per paura di cacciatori di reliquie) nella chiesa non finita. L‘inizio dei lavori per la chiesa superiore non è tramandato, però dovrebbe essere successivo all‘abdicazione da Generale dell‘Ordine di Frà Elia nel 1239, che fino ad allora aveva diretto i lavori della chiesa inferiore romanica. Le due chiese furono comunque consacrate da Papa Innocenzo IV nel 1253, anno in cui non erano ancora iniziate le decorazioni a fresco successive.
In quell‘anno non era stata ancora innalzata la piazza antistante la facciata: una scalinata rampante conduceva al portale gotico gemino, sovrastato da un grande rosone contornato dai simboli dei quattro Evangelisti, a sua volta chiuso da un timpano con oculo centrale. I torrioni circolari laterali servono come pilastri di sostegno, quelli vicino al coro fungono anche da scala. La loggia da benedizione sul lato sinistro della facciata, al di sopra del muro di sostegno rampante, fu aggiunta nel 1754, quando la chiesa fu elevata a rango di basilica.
Davanti al portale d‘ingresso gotico gemino della chiesa inferiore, nel 1487 fu aggiunto il portico ad opera di Francesco da Pietrasanta; anche il colonnato della piazza inferiore risale al XV secolo, così come l‘Oratorio di San Bernardino di fronte al portico della chiesa inferiore, costruito per il Terz‘Ordine, modificato all‘interno nel XVII secolo.
Essendoci poco spazio sulla collina scelta per il complesso, furono necessari i maestosi muri di sostruzione per reggere gli edifici conventuali e il palazzo papale eretti nel XIII secolo, ampliati nel XIV sec. e, da parte del papa francescano Sisto IV, nel 1472-74.
Nella chiesa inferiore si accede per primo ad un transetto creato in una seconda fase della costruzione (1280-1300), in seguito ampliato con cappelle sul lato opposto all‘ingresso tra il 1350 e 1400. Da questo si diparte la navata unica, coperta con volte a crociera, che finisce in un‘abside semicircolare, preceduto da un transetto con volta a botte (nei bracci laterali). Tra il 1300 e il 1350 lungo tutta la navata ed ai lati del transetto furono aperte delle cappelle, mutilando i dipinti che già ricoprivano le pareti del transetto. A metà della navata, delle scale conducono alla cripta contenente il sarcofago del Santo, scoperto solamente nel 1818. La cripta fu realizzata nel 1822 su progetto di Pasquale Belli, ristrutturata poi negli anni 1925-32 in forme romaniche da Ugo Tarchi.
Sulla parete sinistra del transetto d‘ingresso, accanto alla Cappella di S. Sebastiano, un affresco del gotico internazionale, „Madonna della Salute con i Ss. Antonio Abate, Francesco e Rufino“, di Ceccolo di Giovanni (inizio XV sec.). Di fronte, un monumento sepolcrale gotico della famiglia fiorentina Cerchi dell‘inizio del XIV secolo. Più avanti, sullo stesso lato, monumento funebre (1320-30), forse per Giovanni di Brienne o Filippo de Courtenay, imperatore latino di Constantinopoli e re titolare di Gerusalemme. Lo stile è simile al sepolcro in S. Domenico a Perugia e a quello di Arnolfo di Cambio in S. Domenico a Orvieto. Segue la Cappella di S. Antonio Abate, con il sepolcro del Duca di Spoleto Blasco Fernandez e di suo figlio Garcia, entrambi assassinati nel 1367. Da qui si accede all‘esterno nell‘antico cimitero dei Frati Minori con un chiostro a due ordini. Il transetto termina con la Cappella di S. Caterina d‘Alessandria, costruita dal Gattapone nel 1367 su commissione del Cardinale Albornoz, che vi fu inizialmente sepolto. Gli affreschi della „Vita di S. Caterina“ sono opera di Andrea da Bologna (1368). Sul lato sinistro troviamo un ritratto del cardinale.
Il ciclo pittorico della navata, in gran parte a tempera, eseguito intorno al 1260 da un ignoto autore, chiamato in seguito Maestro di S. Francesco, contrappone delle scene della vita di S. Francesco (sul lato sinistro) a scene correlate della vita di Cristo (lato destro). La successiva apertura delle cappelle laterali ha tagliato diverse scene a metà. I dipinti, anche se deteriorati, costituiscono la testimonianza più importante di decorazione parietale di scuola toscana prima dell‘avvento di Cimabue.
L‘altare maggiore risale al 1230, il baldacchino invece al XIV secolo. Originariamente era contorniato da 12 colonne, in evidente analogia con il Sacro Sepolcro di Gerusalemme, eliminate nel 1870. Le vele della volta (1315-20) raffigurano „Apoteosi di S. Francesco“ e „Allegorie dell‘obbedienza, della povertà, e della castità“ ad opera del cosiddetto Maestro delle Vele. Il ciclo pittorico del braccio destro del transetto (Infanzia di Cristo, Miracoli postumi di S. Francesco) è meno unitario, riconducibile in parte alla bottega di Giotto (1315-20), inoltre vi si trova, di Cimabue, „Madonna in trono con angeli e S. Francesco“ (1280), e di Simone Martini (1321-26) „Madonna col Bambino e due Re Magi“ e „S. Francesco, S. Ludovico di Tolosa, S. Elisabetta di Turingia, S. Chiara e santo ignoto“. Il braccio destro del transetto invece è stato decorato completamente da Lorenzo Lorenzetti e dalla sua bottega (1315-30). Rappresenta il tema iconografico della „Passione di Cristo“. Dello stesso autore, ripetuto anche nella contigua Cappella di S. Giovanni Battista, „Madonna col Bambino con S. Francesco e S. Giovanni Battista“.
Nell‘abside, originariamente affrescata con un‘allegoria della crocefissione, ora le pareti sono decorate da Cesare Sermei di Orvieto(1623) con un „Giudizio universale“. Notevole il coro gotico ligneo (1471) di Apollonio Petrocchi da Ripatransone, codiuvato da Tommaso di Antonio Fiorentino e Andrea da Montefalco.
Delle cappelle sul lato destro della navata, S. Ludovico di Tolosa e S. Stefano, con affreschi di Dono Doni (1575) e vetrata attribuita a Simone Martini; S. Antonio di Padova, con affreschi di Cesare Sermei (1610); S. Maria Maddalena, è quest‘ultima che merita maggiormente grazie al ciclo di affreschi della bottega di Giotto (intorno 1320), raffigurante la vita della Santa.
Sul lato sinistro invece, spicca la Cappella di S. Martino con le bellissime decorazioni di Simone Martini (1321-26), particolarmente armoniose, con la vita di S. Martino e ritratti di S. Antonio di Padova, S. Francesco, S. Luigi di Francia, S. Ludovico di Tolosa, S. Chiara, S. Elisabetta di Turingia, S. Maria Maddalena e S. Caterina d‘Alessandria.
Dai due lati del coro, delle scale salgono al terrazzo prospiciente il chiostro grande retrostante a due ordini, costruito nel 1476 su richiesta di Papa Sisto IV. Da qui si accede, oltre che alla chiesa superiore, al Museo del Tesoro, contenente, oltre a reliquiari, manoscritti e paramenti sacri di eccezionale valore, delle opere del XIII secolo e due sinopie, di Simone Martini e di Jacopo Torriti. Nelle sale adiacenti è sistemata la Collezione Perkins, preziosa raccolta di tavole del XIV e XV secolo. Si distinguono: un frammento con „S. Francesco“ del Beato Angelico (~1430), „S. Rocco“ di Nicolò Alunno e „S. Francesco che riceve le stimmate“ di Antoniazzo Romano.
Lo schema della pianta della chiesa superiore ricalca esattamente quello originario della chiesa inferiore sottostante. La navata unica termina con due bracci laterali e un‘abside, qui poligonale. Ma mentre la chiesa inferiore con le sue architetture massicce da l‘idea di una cripta, la chiesa superiore, slanciata e luminosa, si presenta in uno stile gotico, influenzato da quello francese, però con una sua spiccata originalità italiana. Il soffitto dell‘intera chiesa è coperto da volte a crociera e una galleria la percorre per tutto il perimetro sotto le finestre a metà altezza.
Salendo per le scale dalla chiesa inferiore, si accede a quella superiore all‘altezza del transetto e del coro. Ad eccezione della parte alta destra della crociera, dove già nel 1267-70 un Maestro Gotico ed un Maestro Romano avevano iniziato la decorazione, è stato dipinto totalmente da Cimabue e dalla sua bottega (~1280). Purtroppo il grandioso ciclo versa in cattivo stato di conservazione a causa dell‘ossido di piombo utilizzato per l‘incarnato e le tinte chiare, diventate nere per l‘ossidazione. Braccio sinistro: „Crocifissione“, cinque „Scene apocalittiche“ e „S. Michele e il drago“. Abside: „Storia di Maria“; il coro ligneo intagliato ed intarsiato è opera di Domenico Indivini (1491-1501). Braccio destro: „Episodi della vita di S. Pietro“ e „Crocifissione“. Volta della crociera: „Quattro Evangelisti“.
Le pareti della navata sono caratterizzati da un ciclo sopra alla galleria di 34 riquadri del Vecchio e del Nuovo Testamento (rispettivamenta a destra e a sinistra), attribuiti a pittori della scuola romana e quella di Cimabue, ad eccezione delle scene della vita di Isacco, ritenuti opera del giovane Giotto (1290-95). La volta della terza campata della navata presenta 4 medaglioni dipinti da Jacopo Torriti, con Cristo, Maria, Giovanni Battista e Francesco. Nella prima campata invece hanno trovato posto i „Quattro dottori della Chiesa“, Geronimo, Agostino, Gregorio ed Ambrogio, attribuiti o al giovane Giotto o ad un suo seguace. Nelle pareti sotto alla galleria, 28 riquadri narrano la vita di S. Francesco (ispirato alla „La Vita di S. Francesco“ di S. Bonaventura). L‘attribuzione di questo ciclo a Giotto non è affatto univoca; considerando le differenze con le scene di Isacco, è più probabile che siano stati eseguiti da altri su suo progetto. Le finestre policrome furono i primi elementi decorativi eseguiti nella chiesa. Mancando all‘epoca in Italia l‘esperienza di tale produzione, per quelle più antiche (del coro) ci si rivolse a una bottega tedesca, in seguito (per il braccio sinistro della crociera) ad una francese; quelle del braccio destro e della navata vengono attribuiti invece alla bottega del Maestro di S. Francesco.
